Abteigeschichte von der Wiederbegründung 1913 bis heute
Im Jahre 1913 wurde das 1803 säkularisierte und aufgehobene Kloster Münsterschwarzach wieder besiedelt durch Missionsbenediktiner von Sankt Ottilien. Sie kamen aus dem 1901 gegründeten und zu klein gewordenen Kloster Sankt Ludwig, ca. 20 km entfernt.
Am 13. Februar 1914 wird Münsterschwarzach wieder zur Abtei erhoben. Der Gründer von Sankt Ludwig, Placidus Vogel, wird neuer Abt. Sein Nachfolger wird 1937 Pater Burkard Utz. Die Gemeinschaft wächst bis zum Jahre 1938 auf über 400 Mitglieder an. Am 11. September 1938 wird die neue Abteikirche feierlich eingeweiht. Nur 3 Jahre später lösen die Nationalsozialisten die Abtei am 9. Mai 1941 auf und vertreiben die Mönche. Einige wenige hielten als „Dienstverpflichtete“ den Wirtschaftsbetrieb in dem hier eingerichteten Lazarett aufrecht, bis 1945 wieder alle Mönche in ihr Kloster zurückkehren konnten.
Von 1959 bis 1982 leitete Abt Bonifaz Vogel die Abtei. Anfang der 60er Jahre erreicht die Gemeinschaft ihren personellen Höchststand mit 470 Mitgliedern im In- und Ausland. In dieser Zeit gingen zahlreiche Patres und Brüder als Missionare nach Afrika und Korea. In der Abtei wurden u.a. Schule, Internat und Gästehaus neu gebaut und die kleine sechsklassige Internatsschule zum Vollgymnasium (1981) erweitert.
Von 1982 bis 2006 leitete Abt Fidelis Ruppert die Gemeinschaft. Gemäß seinem Wahlspruch „Vos omnes fratres“ – „Ihr alle seid Brüder“ galt sein Hauptaugenmerk einer intensiveren Zusammenführung und Verlebendigung der klösterlichen Gemeinschaft. Zu den markantesten Ereignissen seiner Amtszeit gehörten die Innenrenovierung und Neugestaltung der Abteikirche (1987/88), die Renovierung des 1742–1749 von Balthasar Neumann entworfenen Mühlenbaus (heutige Bibliothek), die Eröffnung des Recollectio-Hauses (1991) sowie der Start des Energieprojektes Regenerative Energien (2000).
Am 20. Mai 2006 wählten 109 Konventualen Pater Michael Reepen zum 5. Abt seit der zweiten Wiederbegründung Münsterschwarzachs. Am 26. Juni 2006 wurde er von Bischof Friedhelm von Würzburg zum 75. Abt von Münsterschwarzach geweiht. Gott möge Abt Michael II. und die Mönche von Münsterschwarzach für die Zukunft segnen!