Als Egbert im Jahr 1046 nach Mainfranken ausgesandt wurde, begann für die Abtei Münsterschwarzach eine besondere Zeit. Es wurden Reformen umgesetzt, die Zahl der Mönche wuchs stetig, die bis dahin zerstörten Klostergebäude wurden erneuert. Im Bereich des heutigen Torhauses entstand eine Laienkapelle, die Abteikirche wurde 1066 erweitert und von Bischof Adalbero konsekriert. Nach dem Tod Egberts 1076 wurde im Jahr 1151 ein Prunkgrab in der so benannten "Walther-Egbert-Basilika" errichtet. Nach ihm ist auch die heutige Klosterschule, das Egbert-Gymnasium, benannt. Während seiner Abtszeit verbrachte der Bamberger Bischof Herrmann I. die letzten Jahre seines Lebens im Kloster, der vom Papst exkommuniziert worden war.
Die folgenden Jahrhunderte waren wieder geprägt von inneren und äußeren Schäden: wirtschaftlicher und religiöser Ruin, Brände und Raubüberfälle; zuletzt die fast gänzliche Zerstörung im Bauernkrieg 1525. Erst unter Abt Johannes Burckhart (1563-1598) zur Zeit des Bischofs Julius Echter begann die Abtei wieder in neuem Glanz zu erstrahlen. Er galt außerdem als Kämpfer in der Gegenreformation.
Der Dreißigjährige Krieg setzte auch der Abtei schwer zu. Erst unter Abt Remigius Winckel (1646–1654) kamen wieder bessere Zeiten. Er besiedelte die Klosterdörfer neu, warb Novizen an und stockte die Viehbestände auf. 1652 ließ er das heutige Torhaus erbauen - es ist das älteste noch erhaltene Bauwerk aus alten Zeiten.
Die Äbte bis zur Säkularisation bauten die Abtei weiter auf. Abt Benedikt Weidenbusch, der im jungen Alter von 22 Jahren gewählt im Jahr 1654 wurde, eine Hochschule, sein Nachfolger Abt Plazidus Büchs (1672-1691) hatte wiederum mit Bränden und Wiederaufbau zu kämpfen.
Bereits gegen Ende des 17. Jahrhunderts begann man, einen großartigen Barockplan zu verwirklichen. Die romanische Kirche war baufällig geworden, für den Neubau konnte man Balthasar Neumann gewinnen. Der Grundstein wurde 1727 gelegt. Er schuf einen Sakralraum von gewaltiger Größe und Herrlichkeit, der am 8. September 1743 von Bischof Friedrich Karl von Schönborn eingeweiht wurde.
Der Glanz der neuen Abteikirche sollte nicht lange andauern. Am 7. Mai 1803 fiel das Kloster wie viele andere zu dieser Zeit der Säkularisation zum Opfer. 1805 wurde die Klosterkirche verkauft und profaniert. Nach einem Blitzschlag und Brand 1810 wurde sie als Steinbruch benutzt und so dem völligen Verfall preisgegeben. Bis auf geringe Reste wurde das Eigentum des Klosters zerstört oder verschleudert.
